به گزارش رسا آقای شجونی گفته است: «رهبری داغ بر دلش است که شبانه روز مجبور به سخن گفتن است و مرجع تقلیدی نداریم که ولی فقیه را قبول نداشته باشد و در خط ولایت نباشند.»
وی همچنین با اشاره به حواث سال ۱۳۸۸ در ایران٬ افزوده که «اگر رهبری نبود٬ بعضی روحانیان به انقلاب لطمه وارد کرده بودند.»
شجونی در بخش دیگری از سخنان خود هم گفته است: «۵۷ سال پدر و پسر پهلوی مملکت را خراب کردند و در این چند ساله نیز دشمنان با کودتاها٬ جنگ‌ها و تحریم‌ها نگذاشتند ما خودمان را پیدا کنیم تا بتوانیم نظام را بسازیم.»
این عضو جامعه روحانیت مبارز با بیان اینکه «دشمنان» ۳۳ سال است نمی‌گذارند نظام را بسازیم گفته است: «طلاب باید برای انقلاب کار و تلاش کنند و مانند کسانی نشوند که یک گوشه‌ای نشسته‌اند و فقط غر می‌زنند. جنجال و اختلاف بد‌تر از قمار و عرق خواری است و طلاب و روحانیون باید مراقب باشند گرفتار جنجال و اختلاف نشوند.»
شجونی با انتقاد از احمدی‌نژاد که همواره بجای واژه بیداری اسلامی (ابداعی رهبری) می‌گوید «بیداری انسانی» گفت: «اینکه برخی در رابطه با انقلاب‌های منطقه می‌گویند بیداری انسانی؛ این بیداری‌ها اسلامی است نه انسانی و آنها اشتباه می‌کنند.»