رئیس بنیاد باران، فرارسیدن «ایام ارتحال امام خمینی» را تسلیت گفته و با اشاره به «حضور میلیون‌ها ایرانی» در مراسم تشییع آیت‌الله خمینی، گفته است: «بدرقه‌ای که مردم از امام کردند از استقبال‌شان باشکوه‌تر بود و بعد از یازده سال با وجود تمام مشکلات، چون امام را انسانی صادق می‌دانستند و او را پشتیبان خود و پشتیبان عزت و سربلندی کشورشان می‌دانستند، تشییع ایشان از استقبال باشکوه‌تر شد. یعنی می‌توانیم بگوییم امام وقتی از دنیا رفتند محبوب‌تر از زمان ورودشان به ایران بودند.»
وی در بخش دیگری از سخنان خود اظهار داشته: «مهم این است که ما همین راه را ادامه دهیم و مقاومت کنیم. دشمنی‌ها و دشمنان زیاد هستند، در داخل هم متاسفانه اختلافات و درگیریها و کینه ها و نفرتها وجود دارد و دشمنانمان از آن سوء استفاده می‌کنند. همه باید در کنار هم به سربلندی و اعتلای این کشور و تقویت پایه‌های انقلاب بیاندیشیم.»
خاتمی گفته است: «امام خمینی مرد بزرگی است که شاگرد مکتب اهل بیت بود و توانست با دست تهی و با ایمان قوی مقاومت کند و با همه مشکلاتی که برایش ایجاد شد در تبعیدهای طولانی و در مقابل سرکوب‌ها؛ مقاومت کرد و به لطف خداوند توانست این انقلاب را پیروز کند و مردم هم پشت سر ایشان به صحنه آمدند.»